В 1805 г. Фукс был назначен профессором в Казанский Императорский университет. Он начал преподавать естественную историю и ботанику, проводил много практических занятий, создал ботанический сад университета. С 1819 г. Карл Федорович руководил кафедрой патологии, терапии и клиники, читал лекции по анатомии, судебной медицине и физиологии. В 1820-1824 гг. был деканом медицинского факультета, в 1824-1827 гг. – ректором университета.
Дом Фуксов на ул. Московской
С 1812 г. Карл Фукс открыл врачебную практику в Казани. Он одним из первых начал бесплатно лечить местных жителей. С раннего утра его приемная наполнялась больными, иногда приезжавшими издалека. Он не делал различия между пациентами, будь то дворянин или мужик, всех встречал приветливо и обращаясь только на «Вы». Фукс был единственным врачом, которого вопреки религиозным правилам допускали к больным женщинам-татаркам. Это говорило о проявлении доверия и благодарности со стороны татарского населения, что позволяло Карлу Федоровичу больше узнавать быт и традиции народа. Уже с первых дней пребывания в Казани Фукс интересовался историей и жизнью татар. Общаясь с местными жителями и бывая в их домах, он присутствовал на обрядах, которые обычно были недоступны посторонним. Собранный материал был изложен в таких трудах, как «Краткая история города Казани» и «Казанские татары в статистическом и этнографическом отношении». Особый интерес вызывает именно личный опыт и впечатления ученого, наблюдавшего быт татарского народа.
