Музей был открыт 1 сентября 2003 г. как музей истории Казанского государственного педагогического института. Его открытие было приурочено к 130-летию КГПИ, и располагался он по адресу: ул. Межлаука, д. 1. В 2006 году его перенесли в здание Татарского государственного гуманитарно-педагогического университета (ул. Татарстан, д. 2). А в 2011 году с созданием Казанского федерального университета было принято решение вернуть музей в историческое здание (ул. Межлаука, д. 1).

Основой экспозиции музея послужили уникальные материалы, переданные преподавателями педагогического института, ветеранами педагогического труда, Великой Отечественной войны, их детьми и внуками. 

Идея создания музея возникла в 1970-е годы, в ходе подготовки к 100-летнему юбилею КГПИ. Музей открылся в 1977 г., его первым руководителем был профессор Мунавар Закирович Тутаев. К сожалению, в 1980-е годы музей был закрыт из-за нехватки учебных помещений. Все собранные коллекции были перенесены в подвал, многие из них в то время были утрачены и бесследно исчезли.

В 2003 г. ректором Казанского государственного педагогического университета профессором Зямилем Газизовичем Нигматовым принято решение воссоздать музей истории вуза. Автором научной концепции выступила Краева Лариса Геннадьевна, к.и.н., заслуженный работник культуры РТ, которая является главным хранителем фондов музея и по сей день.

Богатая и разнообразная коллекция музея позволяет изучать педагогическое образование в исторической ретроспективе. Посетители могут проследить, как развивалась педагогика с давних времен по сегодняшний день, познакомиться с особенностями современного образования. И поскольку наука не стоит на месте, развивается и музей: его экспозиция постоянно обновляется и дополняется новыми разделами и материалами.