Музей Н.И. Лобачевского был создан по инициативе ректора КФУ, д.э.н. И.Р. Гафурова. Он осуществлял общее руководство.
Музей предложено было разместить в «ректорском доме». Это здание является объектом культурного наследия регионального (республиканского) наследия.
В 2017 г. все помещения занимали подразделения Института математики и механики им. Н.И. Лобачевского.
На протяжении 2017 г. осуществлялись историко-архитектурное исследование помещений, подготовка и проведение ремонтно-реставрационных работ. Параллельно велось научное проектирование будущего музея и его экспозиции - разработка научной, сценарной концепций, художественного проекта.
Первые предложения по художественному проекту были подготовлены весной 2017 г. студентами кафедры дизайна и национальных искусств Института филологии и межкультурной коммуникации; по мультимедийным экспозициям – сотрудниками Высшей школы информационных технологий КФУ.
С июля 2017 г. началась реализация научной концепции и художественного проекта, подбор и приобретением экспонатов.
Работа над концепцией музея велась под руководством к.и.н., директора музея истории КФУ С.А. Фроловой.
Участниками рабочей группы были профессора Института математики и механики им. Н. И. Лобачевского, сотрудники музея истории и Научной библиотеки им. Н.И. Лобачевского.
Художественный проект и проект мультимедийных экспозиций реализован ООО «Дисплей арт».
Музей был открыт 1 декабря 2017 г. в день 225-летия со дня рождения гениального математика и ректора Н.И. Лобачевского.
Это самый молодой музей университета.
К его созданию шли на протяжении нескольких десятилетий, и только благодаря инициативе и энергии ректора И.Р. Гафурова этот проект был реализован.
Впервые идею о необходимости созданию музея высказал профессор Казанского университета П.А. Широков накануне 150-летия со дня рождения основателя неевклидовой геометрии. К вопросу о создании музея вернулись в 1991 г.
В связи с празднованием 200-летия со дня рождения Н.И. Лобачевского по инициативе Казанского университета было принято постановление Совета министров ТАССР от 8.01.1991 № 11 об открытии мемориального музея-квартиры Н.И. Лобачевского. Тогда для экспозиции была выбрана небольшая угловая комната на 2 этаже
