История преподавания ботаники и ботанических коллекций в Казанском университете ведется с 1805 г. Первые образцы сухих растений появились в Кабинете естественной истории при ученике К.Ф. Фукса В.И. Тимьянском. Часть этих материалов, датированных 1815-1817 гг., хранится в университетском гербарии и поныне.
На сегодняшний день гербарий Казанского университета включает в себя свыше 120 тысяч единиц хранения. В него входят коллекции таких известных ученых и коллекторов, как Э.А. Эверсман, Ф.И. Рупрехт, П.Я. Корнух-Троцкий, П.Н. Крылов, С.И. Коржинский, А.Я. Гордягин, К.С. Мережковский, и многих других.
Гербарий Казанского университета в 1960-1970-х гг. зарегистрирован в международной базе данных «The Index Herbariorum» под акронимом KAZ.
В 1991 г. часть коллекций кафедры ботаники была включена на правах Ботанического отдела в состав Зоологического музея. С 1997 по 2017 гг. Ботанический музей являлся отдельной структурной единицей университета. В феврале 2018 г. произошло объединение Зоологического и Ботанического музеев в единую структуру – Зоологический музей и гербарий им. Э.А. Эверсмана.